Recibió probablemente las primeras lecciones de música de su padre y de músicos ingleses. Hacia 1634 se trasladó a Viena como organista de la corte de Fernando III, en 1637 viajó a Roma para estudiar con Girolamo Frescobaldi. En Roma se relacionó con Giacomo Carissimi y con Athanasius Kircher, con el que mantuvo correspondencia a lo largo de toda su vida. En 1641 regresó a Viena donde permaneció hasta 1658, viajando con frecuencia en misiones diplomáticas para Fernando III. Visitó Roma, Mantua, Florencia, Bruselas, Dresde, Amberes, Londres y, sobre todo, París, donde vivió entre 1650 y 1653, se relacionó con Louis Couperin y otros músicos franceses. Regresó a Viena como organista de la corte, cargo en el que permaneció hasta 1658, año en el que dimite para vivir retirado en el castillo de Héricourt como maestro de la princesa Sybilla de Wurtemberg-Montbéliard.
La mayor parte de su obra está dedicada al teclado, sobre todo suites y tocatas, que se ejecutan indistintamente en clave y órgano. Compuso 25 tocatas, 30 suites, 2 piezas de música descriptiva de estilo francés, 48 piezas polifónicas de inspiración italiana. Johann Jakob Froberger está considerado como el primer compositor alemán, que asimiló tanto la escuela francesa como la italiana, y desarrolló estos estilos llevándolos a un lenguaje muy personal, flexible y rico en matices.
A continuación, recordamos a Johann Jakob Froberger en el día de su nacimiento, con la Toccata VI en La, FbWV 112, en la versión de Pawel Siwczak en clave.
