Desde 1897, Zola se involucró en el caso Dreyfus, que fue un militar francés, de origen judío, acusado y declarado culpable falsamente de espionaje.
Zola intervino en el debate debido a la campaña antisemita que se desató, y apoyó la causa de los judíos franceses. Escribió varios artículos, donde se destacó la frase "la verdad está en camino y nadie la detendrá".
En 1898, Emile Zola publicó en el diario L'Aurore su famoso Yo acuso, con una tirada de 300.000 ejemplares, lo que hizo que el proceso de revisión tuviera un brusco giro, ya que el verdadero espía fue el comandante Walsin Esterházy, que fue denunciado en un Consejo de Guerra el 10 de enero de 1898, pero sin éxito.
La versión íntegra del alegato en favor del capitán Alfred Dreyfus, y publicado en primera plana, el 13 de enero de 1898, es la siguiente:"Yo acuso al teniente coronel Paty de Clam como laborante —quiero suponer inconsciente— del error judicial, y por haber defendido su obra nefasta tres años después con maquinaciones descabelladas y culpables. Acuso al general Mercier por haberse hecho cómplice, al menos por debilidad, de una de las mayores iniquidades del siglo. Acuso al general Billot de haber tenido en sus manos las pruebas de la inocencia de Dreyfus, y no haberlas utilizado, haciéndose por lo tanto culpable del crimen de lesa humanidad y de lesa justicia con un fin político y para salvar al Estado Mayor comprometido. Acuso al general Boisdeffre y al general Gonse por haberse hecho cómplices del mismo crimen, el uno por fanatismo clerical, el otro por espíritu de cuerpo, que hace de las oficinas de Guerra un arca santa, inatacable. Acuso al general Pellieux y al comandante Ravary por haber hecho una información infame, una información parcialmente monstruosa, en la cual el segundo ha labrado el imperecedero monumento de su torpe audacia. Acuso a los tres peritos calígrafos, los señores Belhomme, Varinard y Couard por sus informes engañadores y fraudulentos, a menos que un examen facultativo los declare víctimas de una ceguera de los ojos y del juicio. Acuso a las oficinas de Guerra por haber hecho en la prensa, particularmente en L'Éclair y en L'Echo de París una campaña abominable para cubrir su falta, extraviando a la opinión pública. Y por último: acuso al primer Consejo de Guerra, por haber condenado a un acusado, fundándose en un documento secreto, y al segundo Consejo de Guerra, por haber cubierto esta ilegalidad, cometiendo el crimen jurídico de absolver conscientemente a un culpable. No ignoro que, al formular estas acusaciones, arrojo sobre mí los artículos 30 y 31 de la Ley de Prensa del 29 de julio de 1881, que se refieren a los delitos de difamación. Y voluntariamente me pongo a disposición de los Tribunales. En cuanto a las personas a quienes acuso, debo decir que ni las conozco ni las he visto nunca, ni siento particularmente por ellas rencor ni odio. Las considero como entidades, como espíritus de maleficencia social. Y el acto que realizó aquí, no es más que un medio revolucionario de activar la explosión de la verdad y de la justicia. Sólo un sentimiento me mueve, sólo deseo que la luz se haga, y lo imploro en nombre de la humanidad, que ha sufrido tanto y que tiene derecho a ser feliz. Mi ardiente protesta no es más que un grito de mi alma. Que se atrevan a llevarme a los Tribunales y que me juzguen públicamente. Así lo espero". Émile Zola, París, 13 de enero de 1898.
La reacción del gobierno fue inmediata, le promovió una causa por apología del delito, y en el juicio, pasaron centenares de testigos, que declararon incoherencias y ocultaron datos importantes. Finalmente el tribunal lo condenó, el 7 de febrero de 1898, a un año de cárcel y una multa de 7.500 francos.
Agobiado por la agitación que le causó su proceso, Zola se exilió en Londres, donde vivió en secreto, y a su regreso, publicó sus artículos sobre el caso, en La Vérité en marche.
Emile Zola adquirió una gran dimensión social y política, pero tuvo grandes problemas económicos, y fue puesto en la picota por medios muy influyentes.
